Ada hal yang khusus dari UUPA, dalam memgatur posisi gubernur dipilih melalui Pemilu dari calon yang diajukan Parpol, calon independen, dan Parlok. Gubernur mempunyai tugas dan wewenang khusus seperti melaksanakan syariat Islam, dan memberikan pertimbangan terhadap kebijakan pemerintah yang terkait langsung dengan pemerintahan Aceh, serta memberikan persetujuan terhadap pengangkatan Kapolda (Pasal 205) dan Kajati (Pasal 209), menetapkan kebijakan yang harus diperhatikan dalam seleksi untuk menjadi bintara dan perwira Kepolisian oleh Kepolisian Aceh (Pasal 207 ayat (1)).
UUPA menegaskan keberadaan partai lokal di Aceh. Di samping itu, alat kelengkapan di DPR Aceh dan DPRK disesuaikan dengan kekhususan, dipilih melalui pemilihan umum yang diikuti oleh Parnas dan Parlok, dan mempunyai kewenangan khusus/tambahan, seperti:
- memberikan pertimbangan untuk rencana pembuatan persetujuan internasional yang berkait langsung dengan Aceh;
- secara khusus memberikan pertimbangan terhadap rencana pembentukan UU oleh DPR yang berkaitan langsung dengan Aceh,;
- mengusulkan pembentukan KIP Aceh dan Panwas.
Saat daerah lain tidak mengenal partai lokal, dalam UUPA, terkait partai lokal, diakui secara tegas (Pasal 75 ayat (1)). Di samping itu, UUPA juga ditegaskan tentang keikutsertaan perempuan di dalamnya.
Ada lembaga khusus yang mendapat perhatian, yakni Lembaga Wali Nanggroe. Mengenai lembaga Wali Nanggroe sebagai kepemimpinan adat, membina kehidupan adat dan memberikan pertimbangan terhadap penyusunan ketentuan adat oleh lembaga adat, memberikan gelar kehormatan atau derajat adat. Lembaga ini bukan lembaga politik dan pemerintahan (Pasal 96-97).
Selain hal yang disebutkan di atas, UUPA sendiri juga mengatur secara khusus pelaksanaan syariat Islam dan kedudukan Mahkamah Syariyah.
Terkait pelaksanaan syariat Islam, diatur beberapa ketentuan, misalnya mengenai adanya ketentuan pidana (jinayat) yang diatur dengan qanun (Pasal 125), dan qanun tentang syariat Islam hanya dapat dibatalkan melalui yudicial review oleh Mahkamah Agung (Pasal 235 ayat (4)). Sementara kedudukan Mahkamah Syariyah mempunyai kewenangan tambahan di Aceh yaitu mengadili perkara pidana yang terkait dengan pelaksanaan syariat Islam, serta hukum acaranya diatur dengan Qanun Aceh.
Dalam hal pengelolaan sumberdaya alam, dalam UUPA juga ada beberapa Pasal yang mengatur masalah tersebut, yakni Pasal 156 mengatur kewenangan dalam pengelolaan sumberdaya alam, Pasal 157 jaminan reklamasi dan rehabilitasi lahan, Pasal 158 kompensasi bagi masyarakat dalam hal pengelolaan sumberdaya alam yang tidak terbarukan, ada Pasal 159 dana pengembangan masyarakat, Pasal 160 pengelolaan bersama minyak dan gas, serta Pasal 165 perizinan.